La història de Sant Joan de les Abadesses està estretament lligada al monestir. Tot i que hi ha constància del fet que la zona ha estat habitada des del paleolític, els orígens del poble actual es remunten al segle IX. L’any 887 Guifré el Pelós (comte de Barcelona, Osona i Girona) va fundar el monestir amb l’objectiu de repoblar les comarques deshabitades arran de les lluites derivades de l’ocupació sarraïna.
El monestir era femení i la seva primera abadessa va ser Emma de Barcelona, filla de Guifré el Pelós i Guinedilda. Es tractava d’una petita comunitat benedictina que va assolir una gran riquesa al llarg del segle X. L’any 1017, però, les monges van ser acusades de desordres i de portar una vida de disbauxa i una butlla del papa Benet VIII va provocar-ne l’expulsió. Les acusacions sembla que són falses, ja que les germanes que en formaven part van ser acceptades sense problemes en altres monestirs.
Tot i això, aquest episodi va quedar en l’imaginari col·lectiu. Amb el pas dels segles, la història es va acabar barrejant amb la llegenda i va acabar lligada al comte Arnau. El comte Arnau és un personatge condemnat per haver comès diversos pecats a cavalcar eternament com una ànima en pena sobre un cavall negre al qual li sortien flames pels ulls i la boca. Un d’aquests pecats va ser el de relacionar-se amb una abadessa del monestir de Sant Joan de les Abadesses.
En un poema de Joan Maragall, el poeta explica com el comte Arnau va tenir un fill amb l’abadessa Adalaisa, fet que el va condemnar per tota l’eternitat: ‘Aquella nit els ulls de l’Adalaisa / se van omplir d’una pietat tan gran /que el comte Arnau s’hi va encisar una estona, / oblidat dels seus passos. Aviat /va sentir no tocar de peus en terra. /Quin esglai! Va llançar un gran crit d’esglai. /Totes les veus de la terra - s’hi van arremolinar;/ pro de seguida/ l’infant pesà en el ventre d’Adalaisa /i els va tornar a la terra. I digué Arnau: / “Com s’ha espessit ta figura! /La boca et surt enfora àvida i dura: /demana per l’infant. /S’ha deformat ta cintura/i el teu esguard al cel és menys brillant. /Ja et lliguen a la terra prou forts llaços... /Doncs, en la terra et deixo... I, ara, adéu./ -Arnau, si jo era teva, no eres meu!/ -Jo sóc sols dels meus braços i els meus passos’. Amb aquest poema, Joan Maragall començava una sèrie de tres poemes que va publicar en tres obres diferents (‘Visions i cants’, ‘Enllà’ i Seqüències’). Es tracten de recreacions d’una història ja coneguda pels lectors, provinent de la cançó popular i d’altres autors romàntics.
Gràcies a l’obra de Joan Maragall, la història del comte Arnau i Adalaisa va quedar lligada per sempre més al monestir de Sant Joan de les Abadesses. Tan estreta és la línia que separa les llegendes de la història.